Modugno, nella prima metà dell'Ottocento, si contraddistingue come centro di raccolta, lavorazione e commercializzazione di prodotti agricoli, in cui erano presenti numerosi edifici industriali come frantoi, mulini, magazzini di olio e mandorle, che trovavano un buon mercato non solo verso Bari, ma anche verso Bitonto e Palo del Colle.
L’importanza di Modugno come città dell’olio crebbe quando Pietro Ravanas, innovatore della produzione olearia industriale, nel 1840 aprì nei locali dell'ex convento dei Domenicani uno tra i più grandi dei suoi frantoi. Nello stabilimento era presente anche un'officina per la costruzione in autonomia di botti e torchi, di solito importati dalla Francia.
Politicamente la piccola cittadina di Modugno aveva dato il suo contributo nel 1799 alla Repubblica Partenopea, resistendo all’attacco delle milizie sanfediste il 10 maggio 1799 grazie a 120 uomini dislocati sulle terrazze delle case. Proprio su una di queste, si racconta, apparve a sostegno dei difensori della città la Madonna Addolorata, ovvero una donna con in mano un fazzoletto.
Con le riforme del decennio francese, si registrarono importanti cambiamenti. Il 27 novembre 1806 si insediò il primo Decurionato, impostato sul nuovo sistema elettorale basato sul reddito. A seguito della confisca di beni monastici gli Agostiniani e i Domenicani lasciarono le loro chiese e i loro conventi, edifici messi a disposizione dei cittadini a uso abitativo o pubblico. È proprio nel convento degli Agostiniani che venne trasferito l’ospedale cittadino, prima ospitato nella Chiesa di San Vito; nei locali della Chiesa del Purgatorio venne ospitata la sezione maschile della prima scuola pubblica, affidata al frate Domenico Carroccia. La sezione femminile, affidata alla donzella Morena Anastasia, faceva lezione in un locale preso in fitto dalla famiglia Scarli. A conferma del periodo florido che il Comune stava attraversando, si chiese al nuovo Re Gioacchino Murat di ripristinare il mercato domenicale e numerose fiere di paese.
Nel dicembre 1820 si decise l'abbattimento delle fatiscenti Mura della città, impegno economico al quale contribuirono anche i proprietari delle abitazioni poste lungo le Mura, che dovettero provvedere da soli alle conseguenze dell’abbattimento. Urbanisticamente si inizia a delineare la futura distinzione tra il borgo antico, nucleo originario del centro abitato sorto intorno alla Fortezza che presidiava la collinetta della Motta, e il suburbio, espansione urbana all'esterno delle antiche mura.
Meno gradita fu, per i Modugnesi, la leva obbligatoria imposta per legge dai Francesi, che prevedeva l'arruolamento di una persona ogni mille abitanti. Modugno, che contava circa 5 000 abitanti, dovette offrire 5 reclute, che però fu molto difficile trovare. Le storie cittadine dicono che dei 47 modugnesi fra i quali dovevano essere estratti coloro i quali sarebbero diventati soldati, solo 5 si presentarono, i quali però poi disertarono e dovettero essere più volte sostituiti. Proprio sull’ostilità verso il servizio militare obbligatorio puntarono i borghesi, artefici delle rivolte del 1848, per far sì che la loro protesta politica e ideologica potesse essere condivisa anche dal ceto contadino, interessato a migliori condizioni di vita e riduzioni di ogni obbligo verso il Governo (dalla leva militare a dazi e tributi). Nella Dieta di Bari, Modugno venne rappresentata da Giuseppe Capitaneo. Un altro Capitaneo, il sindaco Nicola, guidò la città nel passaggio al Regno d’Italia, votato con un plebiscito di 2.139 "sì" e nessun "no", nonostante il forte astensionismo.
Come molti dei casali nella seconda metà dell’800 la città venne collegata a Bari e ai Comuni limitrofi con nuove e moderne strade come la nuova Bari-Altamura, una “via nova” larga e rettilinea, e la nuova Modugno-Bitonto, raccordo tra le preesistenti Bari-Altamura e Bitonto-Canosa. Tra il 1876 e il 1880 venne realizzata anche la Modugno-Bitritto.
Tra la fine del XVIII e l'inizio del XIX secolo, faceva parte del circondario di Modugno anche Palese, un agglomerato d'insediamenti contadini sparsi nella campagna, che nel 1811 venne definito Villaggio Riunito della Marina di Modugno, cioè sua frazione. Da qui passò nel 1807 il Re in visita in Puglia, motivo per cui il Comune investì 56 ducati e 15 grani per migliorie nel villaggio.
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